船舶登记是赋予船舶以国籍和权利义务的行为，即对船舶享有某种权利的人，向国家授权的船舶登记机关提出申请并提交相应的文件，经船舶登记机关审查，对符合法定条件的船舶予以注册，并以国家的名义签发相应证书的法律事实。

船舶自动识别系统，是指一种应用于船和岸、船和船之间的海事安全与通信的新型助航系统。常由VHF通信机、GPS定位仪和与船载显示器及传感器等相连接的通信控制器组成，能自动交换船位、航速、航向、船名、呼号等重要信息。

大致可以这样理解，船舶登记是赋予船舶一个名字，船舶识别相当于赋予船舶一个身份ID。

法律依据

1）船舶登记：《船舶登记条例》及《船舶登记办法》

2）船舶识别：《中华人民共和国船舶识别号管理规定》

主管部门

1）船舶登记：船舶登记机关管理办法第三条规定，船舶登记机关系指经中华人民共和国海事局公布的具体实施船舶登记的海事管理机构。

《中华人民共和国船舶登记办法》第八条规定，中华人民共和国港务监督机构是船舶登记主管机关

2）船舶识别：中华人民共和国海事局是船舶识别号主管机关，负责船舶识别号的授予和统一管理。

但不管船舶登记也好，船舶识别也好，都是为了加强地于船舶的管理，促进海事监管能力、监管水平的提高。