NTFS和FAT32是两种不同的文件系统格式，它们在功能、安全性和性能等方面存在一些区别。

1、功能和性能：NTFS是一种高度可恢复的文件系统，具有许多高级功能，如数据恢复、加密、压缩、磁盘配额等。相比之下，FAT32文件系统在功能和性能方面较为有限。

2、磁盘分区大小：NTFS支持的磁盘分区大小最大可达2TB（2048GB），而FAT32支持的分区大小最大为32GB。因此，对于需要使用大容量磁盘的用户来说，NTFS是更好的选择。

3、单个文件大小：NTFS突破了单个文件4GB的容量限制，目前来说似乎没容量限制，只要硬盘空间容量有多大，那么就NTFS就可以分到多大。而FAT32在实际运行中不支持单个文件大于4GB的文件，一旦超过容量限制那么系统就会提示磁盘空间不足。

4、安全性：NTFS提供了更高级的安全功能，可以对文件和文件夹进行加密和权限设置，而FAT32则不具备这样的安全功能。在NTFS下，用户可以对电脑用户对该格式下所有的文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。此外，在磁盘分区下任意文件夹或文件上右键属性，在高级属性窗口中勾选中加密内容以便保护数据即可做到加密。

5、碎片和空间利用：随着时间的推移和使用次数的增加，文件可能会产生碎片。从FAT16的文件系统格式，到之后的FAT32然后再到现在的NTFS文件系统格式，从磁盘分区的格式不同，那么所产品的磁盘碎片也是越来越小。

6、磁盘配额：NTFS支持磁盘配额，可以在一个NTFS分区上为不同用户设置不同的磁盘空间配额，而FAT32不支持磁盘配额。

7、文件恢复：NTFS具有更好的文件恢复功能，可以恢复意外删除或格式化的文件，而FAT32的文件恢复功能相对较弱。

8、压缩和加密：NTFS支持文件和文件夹的压缩和加密，而FAT32不支持。

9、日志记录：NTFS支持事务日志记录，可以记录对文件系统的更改，而FAT32不支持。

10、文件链接：NTFS支持硬链接和符号链接，而FAT32不支持。

11、文件访问控制：NTFS支持更复杂的文件访问控制，可以针对不同用户或用户组设置不同的访问权限，而FAT32不支持。

12、安全性：NTFS具有更高的安全性，可以防止恶意软件或黑客对文件进行修改或删除，而FAT32的安全性相对较低。

综上所述，NTFS和FAT32在功能、性能、磁盘分区大小、单个文件大小、安全性和碎片和空间利用等方面存在显著差异。因此，在选择文件系统格式时，需要根据实际需求和使用场景进行选择。如果需要使用大容量磁盘并需要高级安全功能和数据恢复能力，则建议使用NTFS文件系统。如果只需要一个简单的文件系统用于存储少量数据，并且不需要高级功能，则FAT32文件系统可能是一个更好的选择。