MG动画和二维动画主要在概念上有所不同，MG动画是一种动画表现形式，是一种动画风格，而二维动画是一种动画制作手法，包含了多种动画风格，除此之外，两者在风格内容、制作软件以及应用领域上也有所区别。

风格内容不同

MG动画大多数以二维动画的手法呈现，但也可以是三维动画，MG动画通常直奔主题阐述主要内容，以短小精悍的内容呈现丰富的信息量，风格多变、画面简洁、节奏感强，可以起到很好的宣传效果。

二维动画是以二维平面展示的动画，更多指FLas***，常用于故事类动画中，其内容一般有剧情铺垫，风格较为单调。

制作软件不同

制作MG动画的软件较多，一般AE、AI、PS、C4D等都可用于MG动画制作。二维动画则通常由Flash制作完成。

应用领域不同

MG动画通常用于宣传，应用领域一般包括社会化营销、企业宣传、栏目包装、影视片头、MV制作以及多媒体CG设计等等。二维动画则被广泛应用于网络动画、网页设计、网页广告、多媒体教学等方面。