主要区别是，性质不同、主要功能不同、适用不同，具体如下：

一、性质不同

1、AE是一套动态图形的设计工具和特效合成软件。

2、PR是一款剪辑软件，用于视频段落的组合和拼接，并提供一定的特效与调色功能。

二、主要功能不同

1、AE

图形视频处理、路径功能、特技控制、多层剪辑、关键帧编辑、高效渲染效果。

2、PR

Premiere提供了采集、剪辑、调色、美化音频、字幕添加、输出、DVD刻录的一整套流程，并和其他Adobe软件高效集成，满足创建高质量作品的要求。

三、适用不同

1、AE

适用于从事设计和视频特技的机构，包括电视台、动画制作公司、个人后期制作工作室以及多媒体工作室。属于层类型后期软件。

2、PR

是视频编辑爱好者和专业人士必不可少的视频编辑工具。